​​​​​​​مرحوم علامه حکیمی در زندگی علمی خود مراحل مختلفی را طی کرده بود. با اندیشمندان و اندیشه‌های مختلفی آشنا شده بود و تلاش گسترده ایشان برای پی‌جویی حقیقت و بدست آوردن مسیر درست اندیشه و اندیشه‌ورزی بود. این یکی از ویژگی‌های شخصیتی آن بزرگوار بود. به گمانم کمتر در بین اندیشمندان دینی معاصر شخصیتی با این تنوع در منابع معرفتی و در تعامل علمی با جریان‌های مختلفی فکری سراغ داریم. همان‌طور که می‌دانیم ایشان در فقه یکی از شاگردان برجسته مرحوم آیت‌الله العظمی میلانی بود. در فلسفه نزد استادان بزرگ حوزه خراسان درس خوانده بود و بر مبانی فلاسفه در حوزه مشا، اشراق و حکمت متعالیه تسلط کافی داشت و متون اصلی آن‌ها را تدریس می‌کرد. در کنار این‌ها و در امتداد این حرکت، شاگردی شخصیت بزرگی از استادان معارف خراسان یعنی مرحوم شیخ مجتبی قزوینی را در کارنامه داشت. همواره برای فهم منظومه اندیشه‌ای استاد علامه حکیمی مانند هر متفکر دیگری، مراجعه به تمام آثار و توجه به اقدامات علمی و عملی آن شخصیت می‌تواند مؤثر باشد، اما این در حالی است که متأسفانه در حق ایشان مانند بسیاری دیگر از اندیشمندان معاصر، داوری‌های بسیار تنگ‌نظرانه و گاه یک‌سونگرانه شده به‌گونه‌ای که افراد بسیاری را می‌شناسیم که در این راستا مقاله‌های بسیاری نوشته‌اند، بی‌آنکه همه اندیشه‌های آن استاد را مطالعه کنند تا بتوانند تحلیل جامعی ارائه دهند.  
 فردی همچون علامه حکیمی که پرورش‌یافته بزرگان معارف خراسان بوده و در یکی از حساس‌ترین دوران تاریخ معاصر ایران زندگی می‌کرده باید زوایا و نکات پنهانی در اندیشه او وجود داشته باشد که خود نیازمند پژوهش‌های دیگر است.
با نگاهی به آثار و اندیشه‌های علامه حکیمی می‌توان به 10 اصل در افق فکری ایشان اشاره کرد. اصل نخستی که می‌توان در اندیشه علامه حکیمی شناسایی کرد توجه به استقلال دینی از مکاتب بشری است. ایشان به جد معتقد است مکتب الهی بازمانده از انبیای الهی از نظر محتوا به‌گونه‌ای است که در یک چارچوب مشخص، مستقل و برای اهداف خاصی طراحی شده است، با وجود این ایشان هیچ‌گاه ساحت علم را از دین جدا نمی‌داند و این در حالی است که گاه شاهد این امر بوده‌ایم که در اندیشه ایشان به این نکات هیچ‌گونه توجهی نشده است. در حقیقت علامه حکیمی هرگز بر این باور نیست که اگر مکتب بشری بر پایه مفاهیم و اصول خودساخته، نظامی را بنا کرده و دانشی را پدید آورده لزوماً همه آن‌ها باطل هستند.

استقلال دینی در حوزه معرفت علامه حکیمی
اصل دومی که در پی اصل نخست در اندیشه ایشان خودنمایی می‌کند این است که استقلال دینی در حوزه معرفت دینی در دو جهت اساسی است؛ نخست، استقلال در نظام معارف انسانی و دوم استقلال در شیوه‌های دستیابی به معارف است. اولاً آنچه انبیای الهی به عنوان معارف الهی به انسان عرضه کردند، دارای منظومه‌ای از معانی، اصول و ارزش‌هاست که این‌ها ترکیب کاملی را برای تنظیم حیات انسان برای رسیدن به سعادت فراهم می‌کند به‌طوری‌که انسان در این نظام می‌تواند همه عناصر سعادت‌آور و تمدن‌ساز بشر را ببیند و دوم برای دستیابی به این منظومه معرفتی نیز روش‌هایی که در دین عرضه شده یک روش مستقل، خود اتکا و اطمینان‌آور است.
اصل سوم در اندیشه علامه حکیمی تعریف و تحلیل ایشان از دین است. مرحوم حکیمی تأکید دارد جوهره دین، همان چیزی است که توسط انبیای الهی به انسان عرضه شده است. با توجه به اینکه امتیاز دین از غیر دین به وجود پیام الهی است، از این‌رو همواره ایشان در آثار خود از پیام الهی و پیام‌آوران الهی سخن می‌گوید و راه دین‌ورزی و دین‌شناسی را از این مسیر ترسیم می‌کند. بر همین اساس است که ایشان اینجا در مقابل دو جریان مهم در اندیشه‌ورزی معاصر قرار می‌گیرد. جریان نخست، گروهی هستند که معتقدند وحی به عنوان یک امر تاریخی است که مربوط به نسل‌های گذشته است، اما ایشان پیام الهی را پیام تاریخی نمی‌داند بلکه تأکید دارد پیام قرآن و اسلام، جاوید است.
همچنین جریان دیگری که در مقابل اندیشه ایشان قرار می‌گیرد، افرادی هستند که از آن‌ها با عنوان قرآن‌بسندگان یاد می‌شود، افرادی که وحی را اصیل می‌دانند و معتقدند باید با اتکا به وحی، زندگی و سعادت بشر را دنبال کرد، اما این وحی را منحصر به قرآن کریم و معارف قرآنی نمی‌دانند. در واقع علامه حکیمی در مقابل این دو جریان با به میان آوردن سنت که منظور ایشان سنت صحیح و قابل استناد در کنار قرآن کریم است، عرصه معارف قرآنی را باز می‌کند و همواره بر این باور است معارف قرآنی که اساس جاویدان است همیشه نیازمند مفسرانی است که پیامبران الهی را معلمان بشر در مسیر قرآن کریم می‌داند.
قرآن در نظر علامه حکیمی به عنوان یک کتاب هدایتگر و مجموعه‌ای از آموزه‌ها و آگاهی‌های سعادت‌بخش و الهام‌بخش است و ایشان بارها در طول حیات خود بر محور بودن قرآن بر همه دین تأکید می‌کند و سنت را مفسر قرآن می‌داند و درونمایه‌های قرآن کریم را آنچنان عظیم می‌بیند که با تدبر، تعمق و تأمل می‌توان به آن دست یافت.
اصل چهارمی که ایشان تأکید می‌کند این است که مکتب الهی و وحی، انسان را مخاطب قرار داده است. در حقیقت ایشان در ادبیات خود بارها به کلمه انسان و مردم اشاره کرده‌ و همواره می‌گوید از دیدگاه انبیای الهی هیچ‌کس در هیچ مقامی بیرون از خطاب قرآن نیست و آنچه مخاطب وحی است به لحاظ انسان بودن اوست. 
اصل بعدی در اندیشه ایشان این است که دین برای مردم و برای هدایت انسانی است و از نظر ایشان دین برای همه انسان‌ها چه در بعد مادی و معنوی، بعد فردی و اجتماعی و چه در بعد ظاهری و باطنی است.

جایگاه عقل در منظومه فکری علامه حکیمی
اصل دیگری که در اندیشه ایشان می‌توان توجه کرد آن است این انسانی که مخاطب وحی الهی و دین است و بناست با دریافت پیام الهی، حیات اجتماعی و مدنیت خود را بسازد دارای سرمایه‌های وجودی است؛ این سرمایه‌های وجودی، عقل و فطرت هستند که از آغاز حیات با او همراه‌اند و نقش مهمی در فهم، آگاهی‌ها و حتی در حوزه دین‌فهمی و دین‌ورزی او دارند. در واقع ایشان بر این باور است اگر ما از دین یاد می‌کنیم و محور دین را پیام الهی می‌دانیم، این پیام الهی به‌صورت‌مستقیم خطاب به انسان دارای عقل و فطرت است و انسان بدون این دو پایه اساسی به آستانه معرفت دینی نمی‌رسد.
در حقیقت ایشان اعتقاد دارد بنیاد همه آگاهی‌های انسان بر پایه عقل است و بدون داشتن این سرمایه نه تنها به دین نمی‌رسد، بلکه حیات انسانی او در گرو عقل است، به‌گونه‌ای که بارها در «الحیات» به این موضوع تأکید کرده که انسانیت برابر است با عقلانیت و از این‌رو عقل و وحی را مقوله‌ای یک سویه نمی‌داند. اصل بعدی در نظریه این استاد بزرگوار اجتهاد، اختیار و آزادی است. اگر کسی به ادبیات ایشان مراجعه کند دو عنصر آزادی انسان و در مقابل، تعهد و مسئولیت را به وفور و وضوح خواهد دید. در حقیقت اگر بنا باشد نظریه و یا مکتب معرفتی ایشان را با یک مشخصه اساسی در حوزه انسان‌شناسی برجسته کرد، می‌توان عنصر آزادی و اختیار را برای ایشان برشمرد و باوجود این نیز همواره دو اصل توحید و امامت را بیش از سایر اصول باور دارد و سایر اصول را در امتداد این دو اصل تعریف می‌کند.
بنابراین با اینکه علامه حکیمی در دوره‌های مختلف تاریخی حضور داشته، اما با مطالعه آثار ایشان می‌توان یک نخ تسبیح به هم پیوسته‌ای از اندیشه‌ها را پیدا و از چیزی به نام مکتب فکری علامه حکیمی یاد کرد؛ البته می‌دانیم ایشان به دلایل مختلف هرگز نتوانست منظومه فکری خود را به صورت کامل تفسیر کند، با وجود این، اثر «الحیات» نشان می‌دهد ایشان یک منظومه‌اندیش است و همچنین بر نگاه نظام‌مند در حوزه معرفت دینی و انسانی تأکید دارد و به رسمیت می‌شناسد.