حذف آلمان از جام‌جهانی، تنها تبعات روحی و روانی برای بازیکنان ملی‌پوش بایرن‌مونیخ نداشت و سنگربان این تیم که برای گذراندن تعطیلات دست به انجام ورزش خطرناک اسکی زده بود، با شکستگی قسمت‌های مختلفی از بدنش ادامه فصل را از دست داد و بایرن‌مونیخ برای جانشینی کاپیتان، یان زومر را به خدمت گرفت.
پس از کنار گذاشته شدن نویر از ترکیب تیم به سبب مصدومیت، درحالی که پیش‌بینی می‌شد نویر به سبب انجام رفتار کاملاً غیرحرفه‌ای خود علاوه بر معذرت‌خواهی از هواداران و مدیران بایرن، به احترام آن‌ها سکوت پیشه کند و تمام تلاش خود را مبنی بر بازگشت سریع‌تر از موعد به کار گیرد، این کار را انجام نداد و برعکس، با انجام یک مصاحبه عجیب، حواشی زیادی ایجاد کرد و عملکرد مدیران بایرن‌مونیخ را زیر سؤال برد.
همه چیز از اخراج تونی تاپالوویچ، مربی دروازه‌بان‌های این تیم پس از 12سال آغاز شد. نویر که خود نیز به سبب مصدومیت جایگاهی در این تیم نداشت، با انجام مصاحبه‌ای اعلام کرد اخراج تاپالوویچ عجیب‌ترین، زشت‌ترین و دردناک‌ترین لحظه در دوران حرفه‌ای او بوده است.
نویر در شرایطی با چنین انتقادهای تندی مواجه شده که باواریایی‌ها برای جانشینی او، یکی از بهترین دروازه‌بان‌های چند فصل اخیر بوندسلیگا، یان زومر را در اختیار گرفته‌اند. 
نویر به خودیِ خود کار بسیار سختی برای بازگشت به ترکیب پس از مصدومیت و سپس بازپس‌گیری عنوان سنگربان شماره یک تیم خواهد داشت و به نظر می‌رسد دوران حضور مانو در بایرن را در صورت ادامه این روند، باید تمام شده به حساب آورد.
اولیور کان، از مقامات بایرن گفت: «ما نیز از خداحافظی با تاپالوویچ ناراحت شدیم، اما باید توجه داشت که در این لحظه، چنین تصمیمی برای تیم نیاز بود و نمی‌توان احساسات شخصی را با مسائل حرفه‌ای یکسان کرد».