​​​​​​​بر خلاف خوشبینانه‌های نخستینی که بود، جنگ دوم قره‌باغ (2020) نه تنها منجر به بهبود مناسبات تهران و باکو نشد بلکه وضعیت را پیچیده و درنهایت منجر به سردی روابط دو کشور شد. دلیل این موضوع مشخص است. جنگ دوم قره‌باغ خارج از اراده باکو شکل گرفت، این کشور به‌خصوص پس از روی کارآمدن الهام علی اف در سال 2003 به یکی از کنفدراسیون‌های ترکیه، جولانگاه انگلستان و همچنین «پایگاه منطقه‌ای صهیونیسم» و مأمنی برای اهداف بلندپروازانه و زیاده‌خواهانه آن‌ها تبدیل شده است. 
به‌نظر می‌رسد الهام علی اف با اشتباه محاسباتی که صبر راهبردی تهران در قبال اقدامات امنیت زدا و تنش زای باکو ، پایان پذیری ندارد، به‌نوعی حاکمیت خودش را بین رژیم صهیونیستی، ترکیه و انگلستان تقسیم کرده است. او ولی در ماه های اخیر از کانال های رسمی و غیر رسمی پیام های لازم در خصوص خطوط قرمز ایران را دریافت کرده و به‌خوبی می‌داند در فرایند نظم نوین جدید در منطقه، با همکاری تهران، مسکو وپکن، دالان تورانی ناتو مجال تحقق پیدا نخواهد کرد. در این مسیر دستپاچگی باکو برای زمینه‌سازی به منظور لغو خودمختاری 100ساله نخجوان، حاکی از آن است که نگرانی جدی از گسست‌های اجتماعی و نافرمانی‌های مدنی در جمهوری آذربایجان وجود دارد. امروز اقلیت‌های تالشی، لزگی، آوار، اودین و تات، به دنبال فرصتی برای رهایی از نسل‌کشی سیستماتیک باکو هستند. پس اوضاع آن‌گونه که الهام علی اف تصور می‌کرد، پیش نرفته است. از این رو او به جای توضیح درباره نقش کشورش در اقدام تروریستی داعش در حرم شاهچراغ، به تناقض‌گویی‌های عجیب روی آورده است. از یک سو در حالی که نقش سرکردگی تشیع زدایی در جمهوری آذربایجان را به‌عهده دارد اما از عشق به مساجد در سرزمین های آزادشده سخن می‌گوید و از سوی دیگر دوباره به قمار به‌مراتب بزرگ‌تری دست می‌زند و آن مداخله در امور داخلی ایران و طرح ادعاهای بی‌اساس درباره وضعیت آذری‌های غیور ایران است. طبیعی است اظهارات مداخله جویانه علی‌اف، پاسخ شایسته و پشیمان کننده خود را خواهند داشت؛ ولی نکته‌ای که نیاز به یادآوری و تنبه است، اینکه  علی اف در این فقره نیز دچار اشتباه محاسباتی بزرگی شده است. آذری‌های ایران در طول تاریخ پیشتاز صیانت از یکپارچگی ایران زمین بوده‌اند. در سه دهه اخیر، رویکرد پدرانه ایران نسبت به باکو سبب شده است اقدامات ایران ستیزانه دولت باکو با مماشات روبه‌رو شود، ولی اکنون می‌توان گفت یکی از تبعات این اشتباه علی‌اف، اصلاح این روند از سوی تهران خواهد بود.