با اجرای طرح دارویار کمبود برخی داروها در مقایسه با گذشته در بازار دارویی جدی‌تر شده است. دولت باید پیش از اجرای طرح همه داروها را براساس منطق اقتصادی قیمت‌گذاری می‌کرد که متأسفانه این مهم اتفاق نیفتاد، به همین دلیل پس از اجرای آن، کمبود برخی داروها مثل آنتی‌بیوتیک‌ها، سرم و برخی از شربت‌ها ملموس‌تر شده و بسیاری از داروها به دلیل کمبود تولید، برای عرضه در داروخانه‌ها سهمیه‌بندی شده و یا فقط در داروخانه‌های منتخب سازمان غذا و دارو عرضه می‌شوند. در حالی که پیش از اجرای طرح دارویار کمبود دارو در حوزه داروهای خاص، آن هم به صورت مقطعی مشاهده می‌شد.