​​​​​​​مرحله نخست طرح آمایش مراکز آموزش عالی، ساماندهی این مراکز است تا بتوان از ساختار فعلی آموزش عالی استفاده بهینه‌تر کرد و مؤسساتی را که از حداقل‌های استاندارد کیفی بی‌بهره‌اند، با الگوهای طراحی شده، در زمانی کوتاه به استانداردهای کیفی رساند. 
در اجرای این طرح از سه الگوی «الحاق»، «تجمیع رشته‌ای» و «تبدیل» استفاده می‌شود، در واقع به جای متوقف کردن فعالیت مؤسسات آموزشی ضعیف که نمی‌توانند به عنوان مؤسسه آموزش عالی دولتی ادامه کار دهند، در یکی از این الگوها قرار می‌گیرند تا ذیل دانشگاه‌های بزرگ یا معین هر استان یا منطقه فعالیت کنند و با حمایت دانشگاه‌های معین بتوانند حداکثر در دو سال به حداقل کیفیت برسند.