​​​​​​​ مشکاتیان سال 1353 در دانشکده هنرهای زیبای دانشگاه تهران قبول شد و همزمان به آموختن ردیف میرزا عبدالله نزد نورعلی خان برومند و ردیف موسیقی سنتی نزد دکتر داریوش صفوت پرداخت.
مشکاتیان از سال 1354 به اجرای کنسرت‌های متعدد پرداخت و در سال 1356 گروه عارف را تشکیل داد. در سال 57 به اتفاق گروهی دیگر از هنرمندان موسیقی و با همکاری گروه‌های عارف و شیدا مؤسسه چاووش را تشکیل داد که حاصل آن انتشار برخی از ماندگارترین قطعات موسیقی سنتی در سال‌های 57 تا 62 بود.
تصنیف مرا عاشق با صدای شهرام ناظری و چهار مضراب شورانگیز و قطعه نغمه در دستگاه شور، تصنیف ایرانی قطعه 10ضربی چهار گاه به نام پیروزی و تصینف رزم مشترک و نیز اجرای قطعه در قفس استاد ابوالحسن صبا با تنظیم حسین علیزاده در همین آلبوم از دیگر فعالیت‌های مشکاتیان در این دوره بود.
پس از این دوره مشکاتیان همکاری خود با محمدرضا شجریان را پی می‌گیرد که حاصل آن آلبوم‌های سر عشق، بیداد، بر آستان جانان، نوا، دستان و اجرای کنسرت‌های برون‌مرزی است. 
از سال 67 مشکاتیان همکاری خود را با خوانندگان دیگری هم در دستور کار قرار می‌دهد که شهرام ناظری، علی جهاندار، علیرضا افتخاری، ایرج بسطامی، علی رستمیان و حمیدرضا نوربخش از جمله آن‌ها بوده‌اند.
برخی از آثار مشکاتیان نیز با تنظیم چهره‌هایی چون محمدرضا درویشی (جان عشاق و گنبد مینا) و کامبیز روشن‌روان (دود عود) منتشر شدند که در هر سه این آلبوم‌ها محمدرضا شجریان آواز خواند. در تابستان 84 وی به فکر تجدید ساختار گروه عارف و شیدا بر‌آمد که حاصل آن اجرای کنسرتی در تالار کشور با صدای شهرام ناظری بود.
مشکاتیان علاوه بر ساز سنتور که ساز تخصصی وی است با سه‌تار هم آشنایی کافی دارد و همنوازی سه‌تار در آلبوم سر عشق را خود وی انجام داده است. خانه موسیقی در هشتمین سالگرد خود مراسمی در تالار کشور برگزار کرد  و از مقام هنری این هنرمند نامی تجلیل به عمل آورد. این هنرمند نامی کشورمان، 30 شهریور 88 دار فانی را وداع گفت.