رهبر معظم انقلاب در پی درگذشت حجت‌الاسلام والمسلمین مصطفوی پیامی صادر کردند. در این پیام آمده است:
تحقیق و تدریس در علوم عقلی و فلسفه‌ اسلامی برجسته‌ترین فعالیت علمی این روحانی انقلابی و 
پر تلاش بود که در کنار اشتغالات فرهنگی و مردمی، کارنامه‌ای وزین برای آن بزرگوار پدید آورده بود. از خداوند متعال پاداش بزرگ و رحمت و مغفرت برای ایشان مسألت می‌کنم.