در این موزه از صدر اسلام 17 قرآن فوق‌العاده نفیس با دستخط منسوب به ائمه اطهار(ع) در معرض نمایش است. از این تعداد پنج قرآن نفیس دارای رقم است یعنی در آخر آن قرآن‌ها نوشته شده: «کَتَبَهُ عَلی بنِ أبیطالِبٍ»، «کتَبَهُ حسن بن علی»، «کتَبَهُ حسین بن علی»، «کتَبَهُ علی بن الحسین» و «کتَبَهُ حسن بن موسی الرضا». این قرآن‌ها توسط شاه عباس صفوی وقف و وقف‌نامه آن توسط شیخ بهایی نوشته شده است. در گنجینه رضوی آثاری از هنرمندان و خوشنویسان برجسته ایرانی وجود دارد که هر یک بیانگر گوشه‌ای از تاریخ کتابت و نشانگر دوره‌ای از هنر اسلامی است.
9جلد قرآن و جزوه قرآنی نفیس منسوب به دستخط مبارک حضرت امیرالمؤمنین علی(ع) در مخزن کتابخانه آستان قدس رضوی نگهداری می‌شود که یک جزوه بسیار نفیس در گنجینه قرآن در معرض نمایش است. برخی از این مصاحف شریف در قرن‌های ششم و هفتم هجری قمری وقف آستان قدس رضوی شده و برخی نیز توسط شاه عباس صفوی وقف شده و شیخ بهایی وقف‌نامه آن را نوشته است. 
در بین این تعداد، نسخه‌ای که به خط کوفی اولیه روی پوست کتابت شده از ارزش زیادی برخوردار است و بر اساس تحقیقاتی که روی آن انجام گرفته، بی‌تردید در قرن اول به دست مبارک حضرت امیرالمؤمنین علی(ع) کتابت شده است. در موزه قرآن آستان قدس رضوی که یکی از مهم‌ترین گنجینه‌های جهان اسلام است، علاوه بر قرآن منسوب به امیرالمؤمنین(ع)، آثار ارزشمند و گرانقدر دیگری مرتبط با حضرت علی بن ابیطالب(ع) نیز وجود دارد.