اگر فکر می‌کنید در موزه‌های حرم مطهر رضوی  فقط آثار مرتبط با دوران اسلامی را می‌بینید سخت در اشتباه هستید. این موزه تنوع بالایی از آثار باستانی ایران را در خود جا داده که قوی‌ترین بخش آن مجموعه تمبر و اسکناس است که غنی‌ترین و منحصر به فردترین تمبرها و اسکناس‌های موجود در ایران را دارد. در این موزه همچنین می‌توانید مجموعه‌ای از فرش‌های نفیس، گنجینه سلاح، گنجینه ظروف، گنجینه ساعت و نجوم، گنجینه صدف، گنجینه سکه، گنجینه مدال و گنجینه هنرهای تجسمی را مشاهده کنید. یکی دیگر از بخش‌های دیدنی این موزه، گنجینه حرم رضوی است. در این بخش می‌توانید آثاری تاریخی از حرم امام رضا(ع)، کاشی‌کاری‌ها، نورپردازی‌ها و موارد بسیار دیگر مرتبط با حرم مطهر رضوی را مشاهده کنید.
گنجینه تاریخ حرم رضوی قدیمی‏ترین بخش و نخستین موزه‌ای است که آثار و اشیای تاریخی و کاربردی و اشیای مربوط به معماری حرم مربوط به سده ششم هجری تا دوره معاصر مانند سنگاب تاریخی خوارزمشاهی، درهای چوبی متعلق به دوره ایلخانی، طلا و نقره، محراب‌های زرین‌فام، اشیای روشنایی، ظروف تطهیر و شست‌وشو، کتیبه‌های طلا، فرش و منسوجات، سکه، تمبر، ضریح دوم و چهارم، پنجره‌های حرم مطهر و پنجره فولاد دوره تیموری در آن به نمایش گذاشته است. در ادامه برخی از سایر گنجینه‌ها را در موزه مرکزی و سایر موزه‌های حرم مطهر رضوی با هم مرور می‌کنیم.
همچنین نسخه‌ای از نخستین قرآن‌هایی که به فارسی ترجمه شده است نیز در این موزه نگهداری می‌شود. نسخه خطی قرآن منسوب به دستخط «یاقوت مستعصمی» که در قرن هشتم کتابت شده از دیگر نفایس این موزه است. یاقوت از کاتبانی بود که در دوره خود قرآن‌های زیادی را به خط نسخ عربی کتابت کرده و تذهیب فوق‌العاده‌ای دارد.