پس از تشکیل مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان، مواردی به وجود آمد که این دو نهاد با هم اختلاف‌نظر پیدا و در هر بار نظر امام خمینی(ره) را اعمال می‏کردند. 
سرانجام ایشان 17 بهمن 1366، فرمان تشکیل مجمع تشخیص مصلحت نظام مرکب از اعضای شورای نگهبان، رؤسای سه قوه و... را صادر کردند که مهم‌ترین مسئولیتش، حل اختلاف میان دو نهاد است.