حاج سیدجواد، امام خمینی(ره) را از نزدیک دیده و با ایشان آشنا شده بود؛ بلکه می‌توان گفت او با حاج آقا روح‌الله رفاقت داشت. آشنایی آن‌ها [احتمالاً] به اوایل دهه 40قمری یعنی پیش از سفر علمی حاج سید جواد به نجف می‌رسد. آقای خمینی در یکی از سفرهای زیارتی خود به مشهد میهمان حاج شیخ علی اکبر نوغانی بود. آقای نوغانی مقدمات دیدار آن دو را فراهم کرد و حاج سیدجواد به همراه حاج سیدهاشم، پدرزن خود، به دیدن حاج آقا روح‌الله رفتند. آقای خمینی نامه‌ای از میرزا ابوالفضل نجم‌آبادی از علمای تهران و دوستان صمیمی و نزدیک حاج سید جواد همراه داشت. آقای نجم‌آبادی در مراسله خود از حاج آقا روح‌الله تمجید کرده بود. «پدرم می‌گفت... نامه را که خواندم دیدم خیلی آقای محترم و عزیز و خوبی است؛ با ایشان دوست شدیم و دیدنشان رفتم، دعوت کردم از ایشان منزلمان [آمدند]... قم که بودم هر وقت خدمت امام می‌رسیدم در منزل، ایشان احوال پدر را می‌پرسیدند».