​​​​​​​چهارم ربیع‌الاول 1268، سرانجام دارالفنون افتتاح شد؛ نخستین دانشگاه مدرن در ایران که با همت و اهتمام امیرکبیر شکل گرفت، اما بانی آن هرگز روز افتتاح مدرسه را ندید. 18محرم سال1268، ناصرالدین‌شاه بالاخره فرمان عزل امیرکبیر را صادر و در 26محرم همان سال، او را از تمام مناصب حکومتی خلع کرد و به تبعید فرستاد. این تبعید، تنها 40روز طول کشید و پس از آن، میرزاتقی‌خان در حمام فین کاشان به شهادت رسید و مراسم افتتاح مدرسه دارالفنون، بدون حضور او برگزار شد. هدف امیرکبیر از تأسیس دارالفنون، رسیدن به استقلال علمی بود. او نمی‌خواست جوانان بااستعداد ایرانی را به فرنگ بفرستد تا پس از صرف هزینه‌های بسیار، خودباخته و مغلوب فرهنگ آن سامان، به کشور بازگردند و به جای برداشتن سنگ از سر راه پیشرفت کشور، سد راه ترقی ایران و ایرانی شوند. تجربه فرستادن دانشجو به اروپا، در زمان فتحعلی‌شاه و با همت عباس‌میرزا نایب‌السلطنه، نتایج مورد نظر رجال وطن‌دوست ایران را در پی نداشت. امیرکبیر به مسیو داوودخان، نماینده دولت ایران در اروپا دستور داده بود تا معلمان دارالفنون را از میان اتباع کشورهایی که در ایران سابقه فعالیت‌های استعماری نداشته‌اند، انتخاب کند و او، بیشتر اساتید دوره نخست این مدرسه را از میان اتریشی‌ها و ایتالیایی‌ها برگزید که تعدادی از آن‌ها، به‌خصوص در رشته‌های طب و نظام، به ایران رسیدند و تدریس را آغاز کردند. این رویکرد امیرکبیر، دلیلی است بر آن، که وی به دنبال استقلال علمی کشور و تثبیت قدرت ایران در این حوزه بوده ‌است. امیرکبیر پیش از این اقدام، با تأسیس دارالترجمه و تلاش برای برگردان کتاب‌های علمی مفید به زبان فارسی، نخستین گام را برای گسترش آموزش و پرورش نوین در ایران برداشته ‌بود. از منظر او، همه جوانان باهوش ایرانی، اعم از اینکه عضوی از جامعه اعیان و اشراف باشند یا نه، حق داشتند در این مدرسه پذیرش شوند و آموزش ببینند. 

شد، آنچه نباید می‌شد
اما آرزویی که امیرکبیر در پی تحقق آن بود، با عزل و تبعید وی، بر باد رفت. مدرسه دارالفنون نیز به سرنوشت دیگر اصلاحات امیرکبیر دچار شد؛ تنها فرزندان اعیان و اشراف به دارالفنون راه یافتند و از موهبت آموزش برخوردار شدند. واقعیت آن بود که پرورش استعدادهای همه ایرانیان، مطابق خواست دربار خودکامه قاجار نبود؛ آن‌ها طبق سفارش آقامحمدخان به فتحعلی‌شاه، به دنبال بی‌سواد نگه داشتن مردم ایران بودند. طولی نکشید که پای معلمانی از روسیه و انگلیس نیز به مدرسه دارالفنون باز شد و این مدرسه، به تربیت افرادی پرداخت که بیش از ایران، به بیگانگان گرایش داشتند. در دهه‌های بعد و زمانی که بریتانیا قدرت بیشتری در ایران پیدا کرد، اعضای برجسته فراماسونری نیز در جرگه معلمان این مدرسه قرار گرفتند تا نقشی بیش از گذشته، در تربیت شخصیت‌های وابسته به استعمار داشته ‌باشند. یکی از این افراد، محمدعلی فروغی، ملقب به «ذکاءالملک» بود که افزون بر استادی اعظم فراماسونری، در کسوت معلمی دارالفنون هم فعالیت داشت. خان‌ملک ساسانی، مورخ و ادیب هم‌دوره فروغی، خاطره‌ای از او نقل می‌کند که در شناخت عملکرد وی و افرادی مانند فروغی در مدرسه دارالفنون مؤثر است: «خوب به‌خاطر دارم یک روز درس تاریخ داشتیم و گفت‌وگو از مستعمره‌های انگلیس بود که آیا خود اهالی قادر به اداره ‌کردن ممالک خود هستند یا نه؟ میرزا محمدعلی ذکاءالملک گفت: آقایان شما هیچ‌وقت سرداری (لباس مرسوم در دوره قاجار) برای دوختن به خیاط داده‌اید؟ همه گفتند: آری. گفت: خیاط برای سرداری شما آستین گذارده؟ همه گفتند: البته. گفت: وقتی سرداری را از مغازه خیاطی به خانه آوردید، آستین‌هایش تکان می‌خورد؟ همه گفتند: نه! گفت: پس چه چیزی لازم بود که آستین‌ها را به حرکت درآورد؟ شاگرد‌ها گفتند: لازم بود دستی توی آستین باشد تا تکان بخورد. جناب فروغی فرمودند: مقصود من هم همین بود که بدانید ایران شما مثل آستین بی‌حرکت است که تا دست دولت انگلیس در آن نباشد، ممکن نیست 
تکان بخورد.»