از آن زمان کارگران این شرکت به دلایلی اعم از «تعویق دستمزدها، سوءمدیریت و ابهام در قراردادهای کار با کارگران پیمانی، قراردادی و روزمزدی» دست به اعتراضات پیاپی زدند.
در پی ناکارآمدی مالکان جدید در مدیریت این شرکت، کارگران خواستار بازگرداندن آن به بخش دولتی شدند. عمده مطالبات کارگران بر سر حقوق به تعویق افتاده آن‌ها بود. کارگران دلیل عدم پرداخت به‌ موقع دستمزدهایشان را «بی‌کفایتی و عدم انسجام در گروه مدیریتی شرکت» عنوان کرده بودند.
ماجرای شرکت کشت و صنعت نیشکر هفت‌تپه در سال‌ های گذشته فراز و فرودهای بسیاری داشته است و بارها در مقاطع مختلف در صدر اخبار قرار گرفته است. 
در زمان دولت روحانی، قوه قضائیه و تعدادی از نمایندگان مجلس، دولت را برای خلع ید مالکان هفت‌ تپه و برگزاری جلسات فوری با حضور کارگران مجاب کردند و پس از کش و قوس‌های فراوان؛ مالکیت هفت‌ تپه خلع ید شد، اما این پایان ماجرا نبود؛ زیرا حکم صادر شده ابلاغ نشد و هفت‌ تپه همچنان در وضعیت بلاتکلیفی باقی ماند.

دستور شهیدجمهور برای رفع مشکلات
این شرایط بلاتکلیفی باقی بود تا دولت سیزدهم روی کار آمد و در حالی که هنوز مهر تنفیذ حکم ریاست جمهوری آیت‌الله رئیسی خشک نشده بود، حکم خلع ید در همان روزهای اول دولت سیزدهم انجام شد. همچنین با دستور مستقیم شهید رئیسی، کارگروه‌های تخصصی برای بررسی وضعیت شرکت تشکیل و راهکارهای عملی برای بهبود شرایط تولید و مدیریت ارائه شد و اقدامات مؤثری برای بهبود شرایط کار و زندگی کارگران هفت‌تپه نیز صورت گرفت.
در این راستا مهر ماه ۱۴۰۰ با اعلام معاونت اقتصادی وزارت تعاون، ‌کار و رفاه اجتماعی، وضعیت شرکت هفته تپه تعیین تکلیف و به شرکت توسعه صنایع نیشکر واگذار شد.
به گفته احمدخانی نوذری، معاون اقتصادی وزارت کار؛ بررسی‌های دقیق و ارزیابی‌ها از شرایط بغرنج و دشوار مجموعه هفت‌تپه
 در نهایت ما را به این نتیجه رساند این شرکت باید به شرکت توسعه صنایع نیشکر واگذار شود که با پیگیری‌های به عمل آمده و مساعدت وزیر تعاون و رئیس سازمان تأمین اجتماعی، تلاش شد، بدون واریز مبلغی، حق بیمه‌های کارگران به مدت دو ماه تمدید شود و تا پایان آبان ماه، بیمه‌های درمان این افراد معتبر باشد.
نتیجه این توجه و پیگیری‌ها، افزایش قابل توجه تولید و بهبود وضعیت مالی شرکت بود؛ اقدامی که نه تنها برای کارگران و خانواده‌های آن‌ها، بلکه برای اقتصاد کشور هم پیامدهای مثبت و اثرگذاری به همراه داشت.

حضور در جمع کارگران
شهیدآیت‌الله رئیسی ظهر روز پنجشنبه ۷ اردیبهشت ۱۴۰۲ در جریان سفر خود به استان خوزستان، در حالی که پس از افتتاح خط جدید راه آهن اندیمشک اهواز، با قطار عازم اهواز بود، با مشاهده تجمع کارگران هفت تپه در ایستگاه این شهر، دستور توقف قطار را صادر کرد و در جمع آن‌ها حاضر شد.
مجموعه نیشکر هفت تپه با پیگیری 
قوه قضائیه در دوران ریاست شهیدرئیسی، به دولت بازگردانده شد و متخلفان این پرونده نیز به مجازات رسیدند. پس از بازگشت شرکت هفته تپه به دولت، عملکرد این شرکت افزایش قابل توجهی داشته، کشت نیشکر به صورت منظم انجام شده و گزارش‌ها حاکی از رضایت کارگران و مردم منطقه از رونق عملکرد این مجموعه است.
در اسفند ماه سال گذشته نیز که شهیدجمهوربرای افتتاح طرح مهم پاک چوب با بالگرد عازم شوش بود در مسیر حرکت بالگرد و مشاهده تجمع کارگران در ورودی شرکت پاک چوب، علاوه بر دیدار خود با تعدادی از نمایندگان این شرکت، معاون اجرایی و رئیس دفتر خود را برای بررسی مطالبه کارگران به میان آن‌ها فرستاد.
اسماعیلی، رئیس دفتر رئیس‌جمهور در این خصوص تصریح کرد: اگر توجه ویژه ایشان نبود وضعیت کنونی هفت تپه بسیار متفاوت از گذشته بود؛ پیگیری‌های فراوانی برای حل مسائل هفت تپه انجام و این مسئله در دولت فراموش نشده است.
اسماعیلی با بیان اینکه دولت سیزدهم ثابت کرده گوش شنوایی برای شنیدن مشکلات مردم و اراده کافی برای پیگیری رفع این مسائل دارد افزود: آیت الله رئیسی از داخل بالگرد تجمع کارگران را در ورودی شرکت پاک چوب دید و به من و معاون اجرایی ریاست جمهوری برای پیگیری موضوع دستور ویژه داد. حضور ما در جمع کارگران هفت تپه به دستور شهیدرئیسی بود و علاوه بر ارائه گزارش به ایشان، موضوع به طور جدی در دولت پیگیری شد.

نگرانی از تصمیمات آتی
خنیفر از کارگران هفت تپه با اشاره به اینکه آقای رئیسی، پرونده‌های تشکیل شده برای کارگران را بست، گفت: همه وعده‌های داده شده توسط ایشان اجرا شد، به جز واگذاری قطعی که آخرین وعده داده شده بود و به صورت نیمه کاره باقی ماند که امیدوارم با روی کار آمدن دولت جدید مسیر ناتمام شهید بزرگوار آیت الله رئیسی ادامه یابد.
او همچنین در تعریف خاطراتی از رئیس جمهور فقید به دیدارهای مکرر کارگران با آقای رئیسی اشاره کرد و گفت: کمتر مسئولی در این سطح از مسئولیت حاضر به دیدار چهره به چهره با کارگران بوده است.
خنیفر بیان کرد: شهیدرئیسی هنگام دیدار با آن‌ها همواره با خوش‌رویی و مهربانی رفتار می‌کرد، ما در دیدار اول با ایشان استرس داشتیم که شاید نتوانیم به خواسته‌هایمان برسیم، اما روز موعود که رسید، ایشان آن‌قدر راحت با ما صحبت کردند که توانستیم سفره دلمان را نزد ایشان بگشاییم و همه حرف‌هایمان را بزنیم.
وی افزود: ما احساس می‌کردیم چتر حمایتی آقای رئیسی بر سر هفت تپه بود، هرچند که دیگر ایشان نیستند و همین موضوع باعث نگرانی ما از آینده این مجموعه شده است. از این رو، انتظار داریم دولت بعدی خط مشی و خدمات ارزنده آیت‌الله رئیسی را ادامه دهد.

رئیس جمهور آینده به فکر هفت‌تپه باشد
حکیم تمیمی یکی دیگر از کارگران هفت تپه می‌گوید: ما یک انتظاری از رئیس جمهور آینده داریم که نسبت به مسئله هفت تپه ورود کند و همان راهی که شهید رئیسی در آن قدم گذاشت را ادامه دهد و شرکت هفت تپه به شرکت توسعه نیشکر و صنایع جانبی به صورت دائم واگذار شود.
حمدانی یکی دیگر از فعالان کارگری تصریح کرد: ما حمایت‌های آقای رئیسی در اوج مشکل‌گذاری غیر کارشناسی شده از طرف سازمان خصوصی سازی را دیدیم. در سال ۹۸ که پرونده هفت تپه در صدر کارهای ایشان قرار گرفت آغوش خود را به روی کارگران باز کرد و به حرف‌های ما گوش داد. به جرئت می گویم اولین مسئول رده بالای مملکت بود که به حرف کارگران هفت تپه گوش داد و پرونده های آن‌ها را در صدر جریان کارش قرار داد.
او می گوید: پس از چندین دیدار با صحبت کردن با این خدمتگزار در سال ۱۴۰۰ به واسطه کمک ایشان موفق به خلع ید بخش خصوصی ناکارآمد شدیم و شرکت کشت و صنعت نیشکر هفت تپه به شرکت توسعه نیشکر و صنایع جانبی به صورت پیمان مدیریتی واگذار شد ،در این میان توانستیم به یک آرامش نسبی در این شرکت برسیم.

کارگران برای آینده نگرانند
آیت‌الله رئیسی، رئیس‌ جمهور فقید جمهوری اسلامی ایران، در طول دوران خدمت خود ثابت کرد دولت سیزدهم، علاوه بر تصمیمات کلان و مهم، توجه ویژه‌ای به کارگران هفت‌تپه نیز داشته است. هرچند کارگران این شرکت هنوز نسبت به آینده خود نگرانی دارند، اما انتظار می‌رود دولت چهاردهم بتواند مسیر حمایت از این کارگران را ادامه دهد و به خواسته‌های آن‌ها پاسخ دهد.
شایان ذکر است، شرکت کشت و صنعت نیشکر هفت‌تپه با ۲۴ هزار هکتار گستره زمین‌های کشاورزی و کارخانه و حدود
 5 هزار و ۵۰۰ نیروی رسمی، پیمانی، قراردادی و پیمانکاری سال ۹۴ به بخش خصوصی واگذار شد، طولی نکشید که حجم تولید به‌‌شدت کاهش یافت و نیشکر هفت‌تپه در آستانه فروپاشی و ورشکستی قرار گرفت؛ در حالی که هنوز بدهی فراوان به کارگران این شرکت پرداخت نشده بود.