بی‌اعتنایی وی و دیگر روحانیان منتقد به آنچه در حکومت پهلوی (مراسم ملی تولد شاه پدر و پسرش، سالروز کودتای ۲۸مرداد ۱۳۳۲، روز نجات آذربایجان در ۲۱ آذر ۱۳۲۵، تاج‌گذاری، اصلاحات ارضی و هر آنچه مربوط به خاندان پهلوی می‌شد) نام گرفته بود موجب شد ارتشبد نعمت‌الله نصیری، رئیس سازمان اطلاعات و امنیت کشور (ساواک) در نامه‌ای «خیلی محرمانه» به سازمان اوقاف بنویسد ۱۹ تن از روحانیان مشهد با وجود استفاده از امکانات اوقاف، در مراسم ملی شرکت نمی‌کنند؛ حتی از شرکت برخی از روحانیان دیگر نیز جلوگیری و در محافل و مجامع خصوصی از دولت و مملکت انتقاد می‌کنند. آیت‌الله حاج سید جواد خامنه‌ای در شمار این روحانیان بود. ساواک خراسان پیشنهاد کرد مقرری روحانیان منتقد از آستان قدس رضوی قطع شود... این پیشنهادها و تصمیمات در حالی صورت می‌گرفت که آیت الله سید جواد خامنه‌ای هرگز از دستگاه دولتی پول نگرفت.