لیست تیم ملی اعلام شد و چند ابهام مهم داشت که یکی از ابهامات در خط دفاعی بود؛ جایی‌که در بین مدافعان راست تیم ملی، خبری از حضور دانیال اسماعیلی‌فر نبود تا مدافع راست پرسپولیس پس از آنکه جایگاهش در تیم پرسپولیس را تقریباً از دست داده، در تیم ملی هم نتواند فرصت حضور در میان بازیکنان منتخب امیر قلعه‌نویی را داشته باشد.
اسماعیلی‌فر که سابقه همکاری با قلعه‌نویی را در سپاهان و ذوب‌آهن دارد، انتظار داشت بتواند خود را در جمع بازیکنان منتخب ژنرال برای فیفادی ماه مارچ ببیند، اما عملکرد پرنوسان او در پرسپولیس سبب شد شرایط برخلاف انتظار رقم بخورد. قلعه‌نویی برای چینش سمت راست خط دفاعی تیم ملی از دومدافع راست دعوت به عمل آورده است؛ رامین رضاییان و صادق محرمی. 
اسماعیلی‌فر در نخستین روزهای سال 1401 برای نخستین‌بار تجربه حضور در ترکیب تیم ملی را بدست آورد؛ آن‌هم در جریان تقابل با لبنان که در دقایق پایانی مسابقه با تصمیم اسکوچیچ، به ترکیب تیم ملی اضافه شد و توانست اولین بازی ملی خود را به‌ثبت برساند و تصور می‌شد رفته‌رفته بتواند جایگاه ثابتی را برای خود بدست آورد اما شرایط برخلاف انتظار پیش رفت.
اسماعیلی‌فر پس از برکناری اسکوچیچ، سعی داشت بتواند خود را به کارلوس کی‌روش اثبات کند اما نتوانست و ناکام در سفر به قطرهمراه تیم ملی بود. 
مدافع راست سرخپوشان پایتخت که از ابتدای فصل مهره ثابت ترکیب پرسپولیس بود، با عملکردی پرنوسان در هفته‌های گذشته جایگاه ثابت خود را در ترکیب پرسپولیس از دست داده و به نظر می‌رسد همین مسئله سبب شده امیر قلعه‌نویی چشم روی دفاع راست سرخ‌ها ببندد و از او برای حضور در اردوی تیم ملی دعوت نکند.