سخنان‌ ابوالفتح، فتنه‌ها و لعن‌ها برانگیخت و دفاع سرسختانه‌اش از مذهب اشعری سبب بروز فتنه میان حنبلیان و اشعریان شد. میان‌ او و ابوالحسن‌ علی‌ بن‌ حسین‌ غزنوی‌ معارضاتی‌ درگرفت‌؛ یکدیگر را بر منبر دشنام‌ می‌دادند. ابوالحسن‌ غزنوی‌ نزد سلطان‌ رفت‌ و گفت‌: ابوالفتح فتنه‌انگیز است‌ و بارها در بغداد آشوب‌ بر پا کرده‌، صواب‌ آن‌ است‌ که‌ او را از شهر اخراج‌ کنند؛ پس‌ سلطان‌ فرمان‌ داد و ابوالفتح در رمضان‌ سال ۵۳۸هجری قمری اخراج‌ شد و ناگزیرش ساختند که در زادگاهش اسفراین اقامت گزیند. در بین راه خراسان روزی که به بسطام رسید، پیک اجلش سر رسید و در جوار شیخ بایزید بسطامی دفنش کردند. ابوالحسن‌ غزنوی‌ که‌ به‌ نوشته ابن‌جوزی‌ برای‌ خاندان‌ خلافت‌ احترام‌ چندانی‌ قائل‌ نبود، پس‌ از مرگ‌ سلطان‌ مسعود، خود گرفتار شد، اموالش‌ مصادره‌ گشت‌ و او را از سخنرانی‌ بازداشتند.
در کتاب آثار البلدان و اخبار البلاد آمده است: هنگامی که امام محمد بن فضل ابوالفتح تصمیم گرفت به خراسان برگردد، پیروان و دوستان بغدادی‌اش خواهش و تمنا کردند از سفر به خراسان صرف نظر کند و از آنان دوری نجوید؛ در پاسخ گفت: شاید خدای تعالی و تقدس در این سفر قبر مرا در جوار مرد صالح قرار دهد. عیسی بن عیسی بسطامی، سردسته عارفان زمان خویش نقل کرده است: شبی در خواب بایزید را دیدم، فرمود عیسی! میهمانی بسیار گرامی به سوی بسطام در راه است، از او قدردانی کنید.
دیری بر این خواب نپایید که شیخ ابوالفتح آمد، هنوز هیچ نیاسوده بود که بدرود حیات گفت. من جای قبر داشتم که پهلوی مزار شیخ بایزید بسطامی بود. قبر آینده خود را به ابوالفتح بخشیدم که او را بدین جایگاه از خود سزاوارتر دیدم.
بث الاسرار، نثار القلب و کتابی در اصول از جمله آثار ابن‌معتمد است.