​​​​​​​پیام حضرت آیت‌الله ‌العظمی خامنه‌ای (مدظله‌العالی) به همایش بین‌المللی یکصدمین سالگشت بازتأسیس حوزه‌ علمیه‌ قم، ابعاد و جنبه‌های مختلفی دارد که باید در مجال و فرصت‌های مناسب توسط اهل آن تبیین و موشکافی شود. اما آنچه در نگاه نخست از پیام ایشان می‌توان برداشت کرد این است که به حول و قوه الهی و با عنایت ولی‌عصر ارواحنا له‌ الفداء که صاحب حوزه علمیه است و با فداکاری همیشه روحانیت، پیشگامی حوزه همواره سرافراز در حوزه خدمت‌رسانی به انقلاب و امت اسلامی ادامه داشته و این رسالت استوارتر از همیشه استمرار خواهد داشت. 
طبق بیان ایشان حوزه علمیه باید پاسخگو در مسائل روز باشد و در این تعبیر «فقه امت‌ساز» محدود به احکام عبادی نیست. بر این اساس نباید از یاد برد در جهان امروز یکی از بحث‌هایی که دشمن در تقابل با جمهوری اسلامی به شدت دنبال می‌کند اندلس‌سازی، لیبی‌سازی و سوریه‌سازی ایران بوده و این بسیار مهم است که با الهام از پیام رهبر معظم انقلاب، ما این رؤیابافی دشمن را به کابوسی برای آن‌ها تبدیل کنیم. 
طبق برداشت منعکس شده از پیام اخیر حضرت 
آیت‌الله العظمی خامنه ای، به ملت و جوانان عزیز و همه کسانی که دل در گرو دین و نظام دارند عرض می‌کنم ما تا زمانی که حوزه پویا، بالنده، به‌روز، کارآمد، پاسخگو، مسئولیت‌پذیر، تمدن‌ساز و در یک کلام حوزه «پیشرو و سرآمد» داریم، به دلیل اینکه این نهاد خود را خدمتگزار دین می‌داند و در خدمت ملت، کشور و نظام است، با برخورداری از حمایت همه‌جانبه اقشار مختلف ملت عزیز و بزرگوار هرگز اجازه نخواهد داد در حوزه مسائل فرهنگی و اخلاقی ایران، اندلس، در حوزه استقلال و امور نظامی ایران، لیبی و در حوزه مسائل سیاسی و عزتی ایران، سوریه شود. جمهوری اسلامی ایران با پیشروی و پرچم‌داری حوزه علمیه مجهز به عناصر آگاه به امور جاری جامعه و مناسبات جهانی و با حمایت ملت همواره با فرهنگ بزرگ دینی و پیشینه و عقبه پر از افتخار تمدنی و با سابقه زندگی همیشه سرافرازانه و عزتمندانه از گزند حوادث و توفان‌ها و فتنه‌ها در پناه امام زمان(عج) محفوظ خواهد ماند و به پرچم‌داری خود در حوزه انسان‌سازی استوار می‌ماند.