حوزه علمیه به عنوان میراثدار معرفتی اسلام و عالم تشیع در جهان امروز، در بطن انقلاب اسلامی ایران حضور خود در حوزه‌های سیاسی، اجتماعی و فرهنگی را کاملاً نشان داده است. اما قاعدتاً وقتی معارف حوزوی از گوشه کتاب‌ها و کنج مدارس بیرون آمده و بخواهد در صحنه جامعه و تاریخ به نقش‌آفرینی بپردازد، رقیبان آن حساس شده و به عملیات تخریبی علیه تفکر دینی و اسلامی روی می‌آورند که در مقاطع مختلف طی 40سال گذشته شاهد آن هستیم. 
در تقابل با حملات و اعتراضات که در پی خود شک، تردید و شبهاتی وارد می‌کند، حوزه باید موضع ایجابی و دفاعی داشته باشد. اما آیا این کافی است؟ بیان رهبر معظم انقلاب در پیام به همایش بین‌المللی یکصدمین سالگشت بازتأسیس حوزه‌ علمیه‌ قم و تأکید بر اینکه حوزه باید «مجاهد فرهنگی» تربیت کند، یعنی این کافی نیست و این نهاد در مقابل حجم گسترده هجمه‌ها باید با اتخاذ رویکرد تهاجمی، از بنیادهای خود دفاع، تقویت و آن را تثبیت کند. بیان حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای به این معناست که حوزه این ظرفیت را دارد که بنیادهای معرفی رقیب خود را هم در معرض پرسش قرار داده و با رویکرد منتقدانه به چالش بکشد.
باید توجه کرد که جهان مدرن مبتنی بر معرفت و یک نوع هستی‌شناسی خاص و با فلسفه‌های مربوط به خود شکل گرفته که به شدت می‌توانند آسیب‌پذیر باشند. امروز جهان از نظر سیاسی و اقتصادی گسترش زیادی پیدا کرده که این بنیادهای نظری را در معرض آسیب قرار داده است. در چنین محیطی برای پاسخ‌گویی به نیازهای عصر حاضر، حوزه علمیه نباید و نمی‌تواند فقط در این نقطه ایستاده و به نقدها پاسخ دهد بلکه باید نحله‌های مختلف را مورد نقد قرار دهد. یک مقابله همه‌جانبه هم وقتی است که ما بتوانیم آفت‌ها و آسیب‌هایی که در بسترهای فلسفی و معرفتی جهان هست شناسایی و در موضع بحث، نقد و گفت‌وگو قرار دهیم و این کارکرد مهم حوزه علمیه از دیدگاه رهبر معظم انقلاب است.
اگر حوزه به عنوان یک نهاد علمی و اندیشه‌ای حیات دارد باید به موازات پاسخ‌گویی به ابهاماتی که وارد می‌شود، اشکالاتی که بر رقیبش هست را بیان و دنبال کند و به چالش بکشد، و الا اسلام در گوشه خانه‌ها و کتابخانه‌ها، چیزی برای عرضه در سیاست و اجتماع نخواهد داشت.