دفتر مطالعات زیربنایی مرکز پژوهش‌های مجلس در گزارشی با عنوان «تحلیل و ارزیابی طرح نوسازی و بهسازی مسکن روستایی» اعلام کرد: 
با گذشت 19 سال از اجرای «طرح نوسازی و بهسازی مسکن روستایی»، هنوز حدود 41درصد از واحدهای مسکونی روستایی (معادل 25/2 میلیون واحد مسکونی) و 5/8 میلیون نفر ساکن در آن‌ها، فرسوده است و نیاز به اقدام سریع پیش از بروز هرگونه مخاطره دارند.این گزارش همچنین نشان می‌دهد نوسازی مسکن روستایی با چالش‌هایی روبه‌رو است؛ ازجمله «محقق نشدن هدف اصلی طرح یعنی ساخت و نوسازی 200 هزار واحد مسکونی در هر سال». در خوشبینانه‌ترین حالت، متوسط عملکرد سالانه این طرح حدود 55درصد بوده، به‌طوری که ساخت و مقاوم‌سازی سالانه حدود 111هزار واحد مسکونی محقق شده است.
از دیگر چالش‌های مطرح‌شده، «همراهی ضعیف بانک‌ها در تأمین منابع و اعتبارات» است. در توضیح این موضوع آمده است برخلاف مصوبه هیئت دولت، برخی از بانک‌ها انجام ضمانت به‌صورت زنجیره‌ای را کافی ندانسته و خواهان ضمانت دو نفر کارمند می‌شوند.
در ادامه، اشاره می‌شود چالش «انحراف بخشی از تسهیلات به سمت ساخت خانه‌های دوم برای قشر مرفه شهری» به دلیل عدم تعریف سازوکار نظارتی دقیق برای احراز روستایی بودن و معاف شدن خانه‌های دوم و خالی از شمول مالیات در مناطق روستایی، بخشی از تسهیلات به سمت ساخت خانه‌های دوم هدایت شده است.
همچنین از «ضعف در توجه به تفاوت‌های منطقه‌ای و معماری بومی در ارائه تسهیلات» گفته شده است و توضیح می‌دهد در این طرح ضابطه خاصی برای رعایت معماری مبتنی‌ بر بوم و اقلیم تدوین نشده است.
در ادامه درخصوص «جایگاه ضعیف مشارکت مردمی» آمده که در این طرح از تجربه زیسته مردم محلی برای ساخت و طراحی مسکن روستایی به‌طور مناسب استفاده نشده است.