​​​​​​​سرنوشت امام موسی صدر از آن ابهام‌های بزرگ تاریخ معاصر است . هرچند امید می‌رفت با سقوط دولت قذافی در لیبی، گره‌های این معما هم بالاخره باز شود، اما هربار تحقیقات و یا اظهارات افراد مختلف، ماجرا را پیچیده‌تر و مبهم‌تر کرد. از سال1390 به بعد آزمایش‌های دی‌ان‌ای روی باقیمانده اجساد و یا قبرهایی که برخی‌ها گفته بودند ممکن است متعلق  به امام موسی صدر باشد آغاز شد و نتیجه هم هربار منفی بود. مثلاً سال1391 چون رئیس شورای ملی انتقالی لیبی برای نخستین بار اعلام کرد امام موسی صدر در یک گور دسته جمعی در طرابلس دفن شده، کمیته‌ای لبنانی که برای پیگیری ماجرای ربوده شدن امام موسی صدر تشکیل شده بود بررسی‌ها را آغاز کرد. نمونه‌های یاد شده از یکی از جسدهایی که در قبر دسته‌جمعی پیدا شده بود با تکه‌هایی از لباس‌ها به آزمایشگاه‌های خارجی ارسال و یک ماه بعد اعلام شد نتیجه آزمایش دی‌ان‌ای منفی بوده است. دیروز هم خبرگزاری دانشجو نوشت: «دبیر کمیته ‌رسمی پیگیری پرونده ‌امام‌موسی‌صدر گفته در مرداد۱۴۰۳ پاسخ یک آزمایش دی‌ان‌ای دیگر هم درباره‌ امام موسی صدر منفی شده است. مصطفی عبدالجلیل، رئیس دولت انقلابی لیبی، چندماه پس از سقوط قذافی به هیئت لبنانی گفته بود قذافی پس از وخامت اوضاع در لیبی امام صدر را اوایل سال۲۰۱۱ به شهر سرت منتقل کرده بود.
این درحالی است که از آن زمان تا کنون دولت‌های متوالی و متعدد لیبی، چه آن‌ها که به قبیله‌ قذافی وابستگی خونی و مالی دارند و چه مخالفان آن‌ها، حاضر نشده‌اند برای مشخص شدن سرنوشت امام موسی صدر با دولت لبنان همکاری کنند».